こんにちは。
spamを削除していたら普通のメッセージを発見してしまいましたので、今更ながらレスします。

> 質問なのですが、Anex86本体で作成した空ディスクイメージが
> DiskExplorerで開くことが出来ないのは何故なのでしょうか？

フォーマットされていないと、開けません。
対象のディスクはフォーマットされているでしょうか。

> またAnex86形式に指定すると普通に開くことが出来るけど、マニュアル操作で「サーチ」等を使っても「Win32.err、正常に終了しました」というメッセージの後「10MB以内にIPLが見つかりません」と表示され、開けない場合もあります。

マニュアルモードは、ヘッダが付いていない形式のディスクイメージや、半分壊れたディスクイメージを操作するために用意してあります。
Anex86形式であるならば、Anex86形式で操作すれば問題ないかと思います。