> いま試用してみて思ったのが、ファイルの所有者問題です。
> パーミッション設定を試行錯誤し新規作成はうまくいきました。
> しかし、CGIが作成したフォルダの所有者が違うものに変わってしまい
> 簡単にその中のファイルが削除できないようです
> （以前の0.9.0では簡単に削除できました）

こちらで試してみましたが、再現できませんでした。
ディレクトリ生成の部分は変えていない筈なのですが。。。

直せるものなら直したいので、
プログラム(.cgi)の所有者とグループとパーミッション、
生成されたフォルダやファイルの所有者とグループとパーミッションが
それぞれどうなっているか教えてくれるとありがたいです。

プログラム的には、cgiを実行するユーザーの権限で、
755のフォルダを生成するような想定をしていますので、
この通りの動作をしない場合はバグだと思っています。
ここで「cgiを実行するユーザー」というのが結構な問題
だったりするのですが。