AVG7.0（ウィルスチェック）のスキャンが走行している間に８００通ぐらいのジャンクメールをスパムフィルタに食わせて、確認していたところ、数百通の単位でメールを失いました。
これは危ないなと思いながら実行したので ほぼ確信犯的な行為だったのですが。

この後、バックアップから持ってきた２６００通のジャンクメールで同じことをやりながらWindows Media Playerで動画を再生しているときに実行していたら、今度は１０００通ほどのメールを失いました。
この現象はオリジナルの1.0とjunnno'版の両方で起こりました。Thunderbirdって、スパムフィルタの動作以前にファイルアクセスについて問題がありそうですね。
消えたタイミングは「迷惑メールとマークされたメールを削除」です。
ただし、通常はこのテストのように何千通もジャンクメールを食わすことは無かったし、今までにこのような現象に遭遇したことはないと思います。７６０通ほどのジャンクメールで試していたときは何度繰り返しても問題は有りませんでした。

＃１０００通を超えるメールの処理には気をつけようっと

どちらにしても、junnno'版のベイジアンフィルタ自体の効果は確認しました。これが正規版に組み込まれると嬉しいです。漢字仮名混じりの単語でトークンが登録されると もっと嬉しいです。