バイナリエディタで抽出できるようならば、IPLなりBPBなりをそれらしく作ってやれば読めそうな気がします。本当に可能かどうかは状態によりますが。圧縮されたMOについては、MO全体をディスクイメージ化してから、エミュレータのHDDとして認識させれば、エミュレータ上で展開できるのではないかと思います。確か98のMOはHDDと同じ構造だったと思うので。