戸豚です。

> autoHeaderとmergeHeaderの
>
> 　int i;
>
> を２カ所とも
>
> unsigned int i ;
>
> にすれば良さそうです。

これは関係なかったです。
再コンパイルしただけでいきました。
ライブラリが違うとかですか？

＃　マイクロソフトだし、Windowsだし……

ともあれ .NET Framework SDKのC++でコンパイルしたらいけました。といことです。
オプションは /Zp1 を付けただけです。