戸豚です。

> でもこれ、ループ変数は関係ないですね…。
> 確かに2Gを超えると溢れて表示がおかしくなると思われますが、
> それだけで、止まる原因にはならないような気がします。

autoHeaderとmergeHeaderの

　int i;

を２カ所とも

unsigned int i ;

にすれば良さそうです。
というか、私はそれでいけました。表示は変になりましたけど。
0x7FFFFFFFまではいけますが 0x80000000 になったところで符号反転してるのが原因でしょう、たぶん。

# コマンドラインから CL たたくなんて何年ぶりだろう…

> やっぱりstdioかな。

Win9x系では2Gの壁があるみたいですね。
うちはWin2000なのでファイル生成には問題なかったです。